Programa de Conservación de Agua Dulce:
Amigos realiza el estudio geohidrológico para el diagnóstico y evaluación del flujo del acuífero en  la zona el centro, sur y norte de Quintana Roo.
Se tiene como objetivos planeados, llevar a cabo estudios de base de la calidad y disponibilidad del agua en el estado; describir la biodiversidad de los sistemas de agua dulce superficial y subterránea; realizar campañas de concientización de la contaminación del agua a nivel individual, comunitario, industrial y empresarial; establecer mecanismos de financiamiento para el desarrollo de tecnologías para el manejo adecuado de aguas residuales; y reforzar o reformar las normas oficiales mexicanas en materia de aguas residuales a nivel municipal, estatal y federal.

Programa de Conservación Marina: Los proyectos en el ámbito marino y costero consisten en programas de manejo de recursos pesqueros; diagnóstico en zonas de pesquerías de diferentes áreas en el estado; caracterización, conservación y monitoreo del arrecife coralino; desarrollo de estrategias para la conservación de áreas marinas en México; desarrollo de modelos de manejo costero y políticas de operación, así como la implementación de prácticas de turismo y pesca de bajo impacto.

Amigos de Sian Ka’an le dará continuidad a los proyectos ya establecidos y buscará el desarrollo de nuevos, como la implementación de herramientas de caracterización mediante percepción remota para precisar distribución de hábitats marinos y composición de los mismos, además de promover programas de ordenamiento marino para regular actividades fuera de las áreas naturales protegidas, entre otros.

El Sistema de Información Geográfica ha sido de gran valor para diversas instituciones que han utilizado la información generada por Amigos de Sian Ka’an para acciones concretas de manejo de reservas, definición de problemas de tenencia de la tierra, combate y localización de incendios forestales, definición de polígonos de áreas naturales protegidas a decretarse, conocimientos de la distribución de los recursos naturales, entre otros más.

Programa de Conservación de Tierras: Los proyectos consisten en programas de manejo sustentable de flora y fauna silvestre; conservación de ecosistemas (selvas, humedales, dunas costeras, etc.); análisis del cambio de uso de suelo en la Península de Yucatán (Campeche, Yucatán y Quintana Roo); protección y monitoreo de especies en peligro de extinción (flora y fauna).

Amigos, contempla la elaboración de instrumentos de política ambiental, como el desarrollo de programas de conservación y manejo, implementación de programas de uso público, generación de los estudios de base, elaboración de las propuestas técnicas, gestión para el establecimiento de áreas naturales protegidas, elaboración y participación en programas de ordenamiento ecológico local, territorial y estatal.

Iniciativa de Turismo del Arrecife Mesoamericano: Esta iniciativa se encuentra trabajando con el sector hotelero, los desarrolladores de proyectos turísticos, las líneas de cruceros y los prestadores de servicios acuáticos y el gobierno del estado de Quintana Roo en la implementación de buenas prácticas y políticas ambientales que fomenten la conservación de ecosistemas frágiles en el Caribe Mexicano. Promoviendo de una forma innovadora, estrategias para minimizar el posible impacto negativo que la industria turística pueda generar sobre los recursos naturales.

Actualmente la implementación de la Iniciativa se ha enfocado en la Riviera Maya, en donde en alianza con la Asociación de Hoteles de la Riviera Maya, se colabora con 126 miembros de la misma. A futuro se planea extender el proyecto a todo el Caribe Mexicano.

Dentro del Programa de Conservación de Tierras se realizan una series de proyectos comunitarios dirigidos a preservar la identidad cultural y recursos naturales así como la capacitación en el desarrollo de ecoturismo comunitario y salud ambiental, principalmente en la Zona Maya.